過去幾年，我國農產品冷鏈物流行業市場規模維持了20%以上的增速，而隨著政府和企業的重視以及消費者對健康農產品需求的增加，我國冷鏈物流市場增長空間巨大。但是由于起步較晚，很多行業問題尚未得到徹底解決，與發達國家相比仍存在較大差距。隨著市場、企業的高速擴展，制約冷鏈物流行業發展的五大問題待解決。
1、冷鏈體系尚未建成。目前，我國大約85%的肉類、77%的水產品、95%的蔬菜水果在常溫下運輸銷售，每年僅果品腐爛近1200萬噸，蔬菜腐爛1.3億噸，經濟損失嚴重。就發達國家而言，加拿大已經形成完整的農產品冷鏈物流體系，蔬菜物流損耗僅為5%。我國冷鏈體系的建立需要政府的大力支持。
2、冷鏈設施相對陳舊。近年我國冷鏈基礎設施正在迅速增長，但相對于我國龐大的人口基數，冷庫及冷藏車等資源的人均占有量仍舊偏低，部分基礎設施陳舊且分布不均，亟待升級改造。我國冷鏈物流主要集中于鐵路和公路運輸。截至2011年，全國共擁有6152輛鐵路冷藏車，不足鐵路貨車總量的1%。公路冷藏車保有量在5萬輛左右，僅占貨運汽車的0.3%。從運輸情況看，受我國鐵路資源等因素限制，鐵路冷藏運輸與公路冷藏運輸難以協同，嚴重影響冷藏運輸效率。
3、第三方冷鏈物流發展滯后。目前，我國第三方冷鏈物流發展的基本狀況是以食品生產企業為母體的第三方物流企業和獨立第三方物流公司共存并進。專業第三方冷鏈物流占20%左右，以中小企業為主，缺乏行業競爭力。此外，大多數易腐食品的物流都由生產商、加工商和零售商自己操作，阻礙了第三方冷鏈物流企業的發展。
4、冷鏈系統標準化有待完善。據不完全統計，分布在不同行業和部門的冷鏈物流標準已達近200項。但是冷鏈物流標準化體系建設由部門、地區條塊分割管理，制約了冷鏈物流各相關行業標準化之間的統一性和協調性。目前，我國冷鏈管理部門除了國家統一的標準管理機構外，還有交通、鐵路、民航、衛生、信息等代表政府的行業部門。而冷鏈物流行業涉及的各個產業技術組織、科研機構，則分散在各個政府部門、各個行業中，這樣就造成相互之間難以交流和配合，不能形成統一的規劃。
5、物流信息化水平低下。冷鏈物流不同于普通物流，其硬件水平和貨物運作要求較普通貨物具有較強的剛性要求，對于信息化的配置和運營人員的管理水平、應急處理能力都有較高的要求。我國整體物流信息化水平較低，冷鏈運輸行業的信息化現狀更是不容樂觀。運營人員大多數從普通物流轉崗而來，不僅對產品特性不熟悉，而且對于冷鏈物流的運營要求掌握程度低。因此，冷鏈物流應急預案能力亟待提高。
一系類問題的暴露，給冷鏈物流的發展帶來了巨大的挑戰，雖然我國生鮮電商企業盈利者鳳毛麟角，但兩萬億元的市場預期還是吸引了眾多冷鏈物流企業進入該領域跑馬圈地。中國物流與采購聯合會冷鏈物流專業委員會秘書長秦玉鳴指出，我國冷鏈物流領域存在四大機遇。
一是信息化。與傳統物流企業相比，冷鏈物流企業信息化程度高，訂單多為計劃性訂單，可為客戶提供大數據預測服務。“據冷鏈委了解，大多數企業仍依靠電話、郵件接單，必須轉型。具備接單系統后，才能向大數據分析邁進，進而為生鮮電商企業提供增值服務。”
二是終端化。依靠“微倉宅配”的方式，快速進入二三線市場。“傳統物流企業若想進入生鮮電商行業，建議在二三線城市建設面積在幾百平方米的微倉，這是生鮮電商企業從一線城市延伸至二三線城市時最需要的設施。”
三是標準化。在產地進行初加工，減少浪費，降低損耗。“物流企業若有分揀能力，可以在產地建設農產品分級加工中心，為生鮮電商企業提供外包服務。目前，順豐、黑狗等企業已涉足這一領域。”
四是服務專業化。培養專業人才，提供品質化服務，實施精細化管理，回歸物流本質。“要學習日本物流企業對服務品質的追求，要相信客戶會為服務買單。”